MI Negeri 6 Magelang meraih JUARA UMUM pada ajang Kompetisi Sains Madrasah (KSM) tingkat Kabupaten/Kota seluruh Indonesia yang digelar serentak pada tangggal 20 Juli 2019 di masing-masing Kantor Kementrian Agama.
Kompetisi tersebut di ikuti oleh kurang lebih 750 siswa yang digelar dalam tiga jenjang. Sebanyak 250 siswa mengikuti KSM pada jenjang MI/SD. Sementara untuk MTs/SMP diikuti 250 siswa dan untuk MA/SMA ada 250 siswa.
Terdapat beberapa bidang studi yang dilombakan pada KSM 2019. Untuk tingkat MI/SD, mata pelajaran yang dilombakan adalah Matematika dan IPA. Untuk tingkat MTs/SMP, selain Matematika dan IPA. Sedang untuk tingkat MA/SMA, bidang studinya mencakup: Matematika, Biologi, Fisika, Kimia, Ekonomi, dan Geografi
KSM 2019 mengusung semangat integrasi sains dan Islam dengan tujuan untuk meningkatkan mutu pendidikan sains di madrasah secara komprehensif melalui penumbuhkembangan budaya belajar, kreativitas, dan motivasi meraih prestasi terbaik dengan kompetisi yang sehat dan menjunjung tinggi sportivitas dan nilai-nilai Islam dalam mempelajari dan memahami sains.