Acara rutin pagi yang dilakukan oleh MIN 6 Magelang adalah apel pagi. Kegiatan ini bertujuan untuk menjalin kebersamaan seluruh warga MIN 6 Magelang yang diikuti oleh seluruh siswa dan guru. Selain itu, apel pagi juga mengajarkan kedisiplinan, menumbahkan rasa tanggung jawab dan menyiapkan diri untuk menyongsong kegiatan belajar mengajar. Acara ini dimulai dari jam 06.45 WIB sampai 07.00 WIB

  

Rangkaian acara dalam apel pagi ini adalah pertama do’a bersama membaca Asmaul Husna yang bertujuan untuk memantapkan hati dan menyiapkan mental untuk belajar. Yang kedua yaitu mengucapkan yel secara bersamaan “MIN 6 MAGELANG IS THE BEST ALLOHU AKBAR”

  

Selanjutnya adalah pengumuman dari guru jika ada hal yang perlu diinformasikan ke siswa. Bagi siswa yang tidak disiplin dalam mengikuti apel pagi ini, seperti ramai ketika sedang berdoa, barisan tidak rapi, dan seterusnya, ada konsekuensi tersendiri dari para guru. Hal ini mengajarkan siswa untuk memiliki rasa tanggung jawab dan disiplin dalam kehidupan sehari-hari.